陈长生是谁的孩子？
陈长生的身世之谜，是贯穿本书的一个谜题，从陈长生开始在书院里的生活时，作者就开始给读者以提示。陈长生的身世，一直是贯穿全文的核心疑点。最终答案揭晓：陈长生是当今天下第一大教天海真人的子嗣，因为犯忌讳只能通过秘密渠道送出城外养育。为了找到自己的生母，也为了履行宿命之战后“教宗退位”的诺言，他踏上了寻母和还愿的道路。陈长生的身世之谜也是推动陈长生在第一本书里主要行事的动机。
在本书结尾部分，陈长生终于得知自己的生母是道门大真人天海，并得知自己当年是如何出生的。陈长生在寻母的同时也在履行当初宿命之战后对唐三十六的承诺：教宗不能不还位。为了保护年幼的徒弟阿纸，陈长生最终将教宗法杖交给了唐三十六，而唐三十六随后又将法杖归还给了陈长生，这都符合教宗还位制的要意。