儿童染色体是检查什么？
临床上遇到非常复杂的遗传疾病，或者怀疑基因突变、染色体异常引起的疾病时，往往会建议进行全外显子测序（WES）或全基因组测序（WGS）等检测。但这些都是建立在已经明确疾病病因的基础上 —— 即医生所掌握的患者家系信息足以找到可能的“凶手”。然而，当疾病原因尚不明确时，寻找“凶手”就像大海捞针一般困难，医生往往也会陷入“一筹莫展”的境地。 不过，有一种方法可以帮助我们更广泛地扫描整个基因组—— 遗传性疾病的“嫌疑犯”并不局限于目前已知的20000多个基因。通过分析基因组中的单个核苷酸（nucleotide），我们可以挖掘来自百万年甚至亿万年前的祖先信息，从而获得新的遗传线索[1]。
单核苷酸多态性（snp， single nucleotide polymorphism）是一个人体内每个细胞都存在着大约30个不同的snp位点。这些snp位点的核苷酸在个体之间可以出现不同，就好像每人身上都有一些独特的指纹一样。尽管绝大多数的snp对基因功能没有任何影响，但它们可能会影响基因的表达模式，进而增加基因突变的风险。通过对人群大规模采集的 snp数据进行分析，我们能得到很多关于人类进化和遗传规律的信息。
基于上述原理，我们开发了一种新的分析工具——GainMap v1.0，用于大规模绘制人类基因组与疾病关联图谱。该分析可以通过在线平台实时运行 (http：//www.gaimap.org)，也可以下载运行本地软件（https：//github.com/wuxinglab/gainmap）。用户只需要输入表型和基因组数据的文件名，即可一键完成全部分析流程。
我们首先使用该方法分析了6798例常见遗传性视网膜病变患者的基因组数据。结果发现在46个已报道的遗传性视网膜病相关基因中，有31个在患者中出现了频率超过1%的临床变异体。我们还发现了5个新的基因多态性与视网膜变性的相关性。这些结果支持了此前多项研究中对与视网膜病变相关基因的结论[2-5]，并且为视网膜变性这一复杂遗传疾病的分子机理研究提供了新的方向和线索。 除遗传性视网膜疾病之外，其他遗传性疾病也可能与我们基因组的过去有关。最近一项针对100万例孕妇的中期妊娠血清学筛查研究发现，母系遗传在遗传疾病的发生中发挥重要作用[6]。我们在之前的工作中利用大型前瞻性队列研究了12种先天缺陷的单基因突变情况，也证明了母系遗传在染色体平衡易位导致的先天性畸形中的作用[7]。因此深入研究单核苷酸多态性这一人类的“祖先信号”，有可能帮助我们理解诸多遗传病的病因。