作为食品，益生菌没有严格的毒理实验要求，因此其安全性被经常质疑。 首先我们应认识到，无论是什么产品，任何成分只要过量都有可能会有副作用；同理，益生菌也是有可能产生副作用的。但一般情况下，由于益生菌是人体微生物菌群中的一部分，人体对其耐受性较好，只要不过量，产生的副作用都是轻微的。 目前，对益生菌的副作用的研究主要集中在抗生素与益生菌同服、大量摄入益生菌剂等极端情况下。 如服用益生菌制剂时，同时使用抗菌药物，可能破坏肠道菌群平衡，导致益生菌减少，有害菌数量增多，引起腹泻、呕吐等症状；而服用含益生菌的酸奶可能加重痛风患者的症状（因为部分酸奶含有较高的嘌呤，而嘌呤是痛风发作的重要诱因）等等。
但这些副作用都是在极罕见的条件下才出现的，而且大多情况都属于“双刃剑”效应——即如果滥用抗生素，导致细菌耐药的问题难以解决，那么一旦需要，益生菌很可能也帮不上什么忙了。 至于有人说自己喝了益生菌后出现腹痛、腹泻等，有可能是自身对益生菌不耐受引起的，也有可能是使用了假冒伪劣的产品，出现了“菌”害的现象。所以，大家在选购益生菌的时候一定要注意！
祖世千优质答主1、一般肠道反应
喝益生菌的常见副作用中最明显的莫过于肠胃道方面的反应，部分人体内可能在喝了益生菌之后的1~2周内出现腹泻、腹痛、腹胀等不同程度的肠胃不适症状，也有一部分人群，可能在服用益生菌的过程中，出现排便习惯改变的现象，比如本来便秘的人群在喝益生菌之后出现腹泻，而本来腹泻的人群在喝益生菌之后出现便秘，出现这些情况时，可以考虑先暂停喝益生菌，等身体调整过来之后再考虑继续喝。
2、个别过敏反应
极少数的对乳糖不耐受的人群，或者是其它过敏体质者，在喝了含有可能致敏成分的益生菌饮料之后，可能发生轻微的过敏反应，如皮肤瘙痒起疹、荨麻疹、哮喘、腹痛腹泻等，这类人群在发现喝益生菌饮料后有可疑过敏反应时应立即停止喝，并及时就诊。
除了以上这些喝益生菌的常见副作用之外，网上流传的关于喝益生菌可能引起癌变、影响人体自产益生菌能力、导致肠道菌群“排异”反应等各种不利说法，其实都更多的只能是停留在质疑阶段而已，因为迄今为止，关于喝益生菌的危害的研究报道还很少，所以暂时尚无法证实喝益生菌是否必然会引起这些不利后果，但是从理论上来推测，长期大量喝含有非人体原籍菌种的益生菌饮料，还是可能增加肠道负担，或引起肠道原有菌群失衡的。
在日常生活中，正确合理地喝益生菌饮料一般是无所谓的，而一旦出现喝益生菌出现肠胃不适症状时，则应该先暂停喝，等身体恢复过来后再考虑是否继续喝。
